La misión de San José de Comondú fue fundada en 1708 por los padres Juan María de Salvatierra, Juan de Ugarte y Julián de Mayorga. Originalmente esta misión estuvo a unos 20 kilómetros de la actual San José de Comondú, en línea recta al otro lado de la sierra de La Giganta, en relativa cercanía a San Juan de Londó. El sitio era llamado Comondú o Comondé por los indígenas cochimies de la región. Hoy el sitio es llamado Comondú Viejo, el lugar fue visitado con anterioridad, en 1684, por el almirante Atodo y Antillón en exploración hacia el océano pacífico, en esa ocasión acompañaba al explorador el S.J. Francisco Eusebio Kino. Los fondos aplicados para esta fundación los había asignado el marqués de Villapuente, Don José De La Peña Castrejon y Salzines. El padre Mayorga permanece en esa misión hasta su muerte en 1736. Dos años después el S.J. Francisco Javier Wagner sucesor de Mayorga cambia  la misión a la ranchería indígena llamado por Salvatierra San Ignacio muy cerca de la también ranchería de San Miguel fundada por Juan de Ugarte. A partir de 1738 San Ignacio pasó a ser la cabecera misional y cambió su nombre a San José de Comondú, el  antiguo sitio, hoy se encuentra en total abandono y ruina sin un ápice de cuidado por parte del INAH.

La misión original fue cambiada, luego de 28 años, al punto actual por tener este una mayor cantidad de agua y por ende un mayor potencial para la siembra. De la misión de San José de Comondú dependieron en su momento San  Miguel, Comondú Viejo y San Juan Londó. En 1744 muere el padre Wagner y su sustituto, el padre Francisco Javier Inama de origen austriaco, inicia en 1750 la construcción del edificio misional la que duraría 10 años y llegaría a ser el edificio misional más hermoso de la época y considerado un prodigio de la arquitectura misional desarrollada durante la gran epopeya de conquista que protagonizaron los jesuitas en La California. Con la partida de los tenaces jesuitas al ser expulsados de la California y de los territorios españoles en 1767 las misiones fundadas y sostenidas por ellos poco a poco entraron en el abandono y la autodestrucción, los sacerdotes llegados después, primero los Franciscanos que, poco a casi nada hicieron por un lado por su escasa estadía en La California, incluso, cuando estos partieron a la conquista de la Alta California muchos de los elementos con que las misiones sureñas contaban fueron tomados en calidad de “préstamo” para las fundaciones norteñas. Luego los Franciscanos fueron sustituidos por los Dominicos que se hicieron cargo de estos establecimientos, ambas órdenes sin la tenacidad y fortaleza de carácter de la orden Jesuita poco pudieron hacer por esas misiones que padecieron la desaparición paulatina de la población indígena, en pocas palabras “la materia  de trabajo” dejo de existir y por ende el motivo de atención de esas misiones. Comondú fue abandonada definitivamente en 1827, una población alejada de los nuevos asentamientos del sur que poco a poco prosperaban, finalmente el sostenimiento de esos aparatados sitios misionales resuló difícil y terminaron en el abandono. Después, con los asentamientos civiles los Comondú volvieron a tener un auge que, poco a poco, de nuevo se fue desvaneciendo hasta llegar hasta lo que hoy en día se tiene.

A fines del siglo XIX el edificio de la misión presentaba ya un grado considerable de deterioro. En la década de 1930, cien años después de ser abandonada, el Gobernador Juan Domínguez Cota ordena la demolición del riesgoso edificio el que para la fecha se encontraba en un peligroso estado. Don Bernabé Perpuly comenta que a ellos les tenían muy prohibido introducirse al edificio por lo peligroso que estaba pero, al fin chamacos, dice, de todos modos nos metíamos hasta donde estaba el altar.

Participó en la demolición Donaciano Ramírez, un exsoldado de las tropas revolucionarias del General Hernández, el cual junto con otras personas de la localidad poco a poco la demolieron, eventualmente Ramírez usaba, para roturar puntos muy duros o complicados, pólvora para poder luego continuar con la demolición, el uso que Ramírez hizo de la pólvora para auxiliarse en la demolición dio pié a la leyenda del “dinamitero” gobernador: “Juan Domínguez la mandó dinamitar”, reza la infame leyenda, que, como siempre y al fin humanos nos acomodamos al más dramático y sensacionalista de los posible hechos explotándolo a favor o contra algo o alguien. Se dice que la piedra fue usada para construir la escuela del pueblo cosa que, según Don Bernabé, también es falsa ya que, la escuela fue construida de ladrillos, ladrillos que el mismo Donaciano Ramírez, que le entendía a la albañilería y la construcción, fabricó para tal efecto. Lo que si resulta probable es que algunas piedras hubiesen sido usadas en la cimentación de la dicha escuela, hoy la famosa escuela tampoco existe, fue demolida y sustituida por las "modernas" y en un tiempo de "moda" escuelas prefabricadas del famoso CAPFCE. A Juan Domínguez sus posteriores detractores le achacaron el acto de dinamitar el edificio poniendo en tal aseveración un énfasis que no corresponden a la realidad. Aún hoy hay octogenarios que recuerdan los hechos y confirman cómo fueron realmente y por qué, como a Juan Domínguez se le identifica con la ideología antirreligiosa implementada por el Presidente Calles es fácil achacar tales hechos sin embargo, si ese hecho hubiese sido consigna obedeciendo el dictado de esa ideología tal vez hoy no tendríamos en pie ninguno de los edificios misionales existentes, nada le hubiese costado al Gobernador Domínguez dinamitar todos los edificios misionales de la California que estaba bajo el dominio del Gobernador y menos hubiese quedado en pié el ala sana de esta misión de Comondú que hoy se usa para el culto. Según Don Bernabé Perpuly, de 84 años, la piedra estuvo apilada en el sitio por mucho tiempo y, poco a poco, los pobladores que necesitaban construir algo la fueron usando, algunos más que otros, hasta que se termino. En relación a esto y si uno se da a la tarea de revisar bien el pueblo, pueden observarse piedras labradas por doquier, en banquetas, escalones, detalles de fachadas, etc. Hoy, como lo indicamos arriba, queda en pie la parte del edificio que al parecer fungía de sacristía y que, en evidente sentido común, no fue demolido porque su construcción y estructura estaba sana y no revestía ningún peligro para quien se introdujera a su interior. En esta parte es donde se guardaron y fueron conservados los elementos ornamentales que la misión aún hoy tiene como cuadros y algunas figuras de piedra así como las centenarias campanas. Es de reconocer al INAH la labor realizada para la preservación de antiguos cuadros con las pinturas de arte sacro que lograron subsistir al tiempo y al abandono "...y a la venta de las obras de arte de parte de Juan Domínguez Cota...", como dicen algunos de sus detractores, cosa que más bien creo se debe en gran medida al secular saqueo gringo de todo lo que pueden sacar de esta California Original que al conocimiento y sentido artístico que el General Domínguez pudo tener, lo cual pongo en gran duda, para valorar esas cosas y hacerse de ellas intentando sacar algún provecho. ¿Obedecerá el poco reconocimiento que los historiadores tienen o brindan al general Domínguez a que fue un gobernador que, aunque estuvo una buena cantidad de años en el poder, no lo usó para enriquecerse lo que le impidió tener una "trascendencia social" como ocurre con otros?, digo, sólo pregunto.