Para llegar a San José de Comondú se debe transitar durante los últimos kilómetros por un sendero bordeado de palmas datileras que los misioneros jesuitas introdujeron en California. El cañón donde está enclavado se encuentra esculpido en la roca volcánica y sus paredes son prácticamente verticales casi en su totalidad, de tal suerte es esto que, en algunos sitios, sólo los muy osados pudieran trepar por ellas.