Fundada por el jesuita Juan María de Salvatierra, la Misión de Nuestra Señora de Loreto Conchó es la primera que prosperó y salio adelante en La California. Considerada la cuna y madre de todas las misiones de California, fue fundada el 25 de octubre de 1697 en el sitio denominado por los indígenas guaycuras como Conchó. Salvatierra inicia la gran epopeya de conquista de la hasta ese momento "inconquistable" California una vez que, el 6 de febrero de 1697, recibe la correspondiente autorización de adentrarse en la tierra peninsular. Por fin, después de múltiples esfuerzos de conquista y a 164 años de su descubrimiento por Fortún Ximénez de Bertandoña sublevo de la expedición de Diego Becerra enviado de Cortés, ésta tierra sería objeto del último y definitivo intento de ocupación. La aventura la fraguan Salvatierra y Francisco Kino, al final, este último no participaría directamente en las acciones por causas de fuerza mayor que en ese momento se lo impidieron.

El edificio misional, como la mayoría de los edificios misionales de "La California Original" , a sufrido diversas restauraciones a lo largo de su historia. A finales del siglo XIX un terremoto destruyó gran parte del edificio original. La torre del campanario es relativamente nueva así como los detalles del frontispicio. Las restauraciones formales se dieron inicialmente a mediados del siglo XX continuando por varios años hasta que llegaron al punto que la hacen ver como actualmente, octubre de 2010, se presenta.