Fundada por el P. Francisco María Píccolo en 1699 y cuyo edificio fue construido por el P. Miguel del Barco González. Este edificio misional dedicado a San Francisco Javier es uno de los que permanece prácticamente intacto desde su construcción. El día en que se conmemora al santo patrono la población de San Javier se ve inundada por gente de todos los confines del estado de Baja California Sur e incluso de mas allá de sus fronteras siendo un atractivo el que personas de pueblos y sitios tan alejados como La Paz y San José del Cabo lleguen al lugar, muchos de ellos en grupos montados a caballo o cabalgatas. También el edificio de la misión, como la mayoría de los edificios misionales de "La California Original", a sufrido diversas restauraciones para su adecuada conservación. San Francisco Javier fue misionero jesuita nacido en España, en la provincia de Navarra. Francisco de Jaso Azpilcueta Atondo y Aznáres de Javier, según los anales, nació el 7 de abril de 1506 en el Castillo de Jaso en Javier España, muere el 3 de diciembre de 1552 en una isla de la lejana China. Por su apostolado en oriente se le conoce como el Apóstol de las Indias, es famoso por sus curas milagrosas por lo que cuenta con asiduos seguidores dentro de la iglesia católica. El santo milagroso venerado en la misión de San Francisco Javier Viggé Biaundó es objeto de cumplidos y mandas de parte de los pobladores de la región de Baja California Sur. El mismo misionero Eusebio Francisco Kino se suma a la Compañía de Jesús en cumplimiento de una promesa hecha a San Francisco cuando, muy joven, contrae una grave enfermedad que hace que se encomiende y se ponga en manos del santo prometiéndole que si lo sanaba el se haría misionero para ir a China a cumplir su apostolado. Finalmente Kino cumple lo prometido de sumarse a la Orden Jesuita pero no se va a China, por azares del destino se viene a La Nueva España donde desarrolla actividades intensas en la región de Sonora y Las Californias.

San Javier y su misión es uno de los pueblos más típicos y tradicionalistas del Baja California Sur y, definitivamente, un sitio que el visitante a la zona de Loreto debe conocer. Sitio con historia, el bello edificio misional así como bellas huertas que datan desde la época jesuítica. Se pueden encontrar aquí algunas tradiciones de la misma época como la elaboración de vinos artesanales, aceite de oliva y dulces de frutas. Es en esta población donde aún, según la tradición e historia local, están los olivos más antiguos de toda La California que, según esas historias de la localidad, fueron plantados por el mismísimo misionero Juan de Ugarte, el pionero de la agricultura en la península californiana.

Miguel del Barco, quien construye el edificio misional, estuvo en La California de 1738 a 1768 y fue uno de los jesuitas expulsados de los dominios españoles. Del Barco nace en Casas de Millán, España, el 13 de noviembre de 1705, muere en el exilio, en Bolonia, Italia, en 1790. Treinta años estuvo Del Barco en La California, específicamente en la misión de San Javier. En el exilio Del Barco escribe su gran obra "Historia natural de la Antigua California", esta fue el primer escrito documentado específicamente y muy detallado y profundo sobre la naturaleza y características del territorio californiano, sus indígenas, su flora y fauna, su geografía y clima. El valor de esta obra es haber sido escrita por un protagonista o actor presencial de lo que narra a diferencia de las obras de Venegas y Clavijero quienes nunca estuvieron en el escenario californiano y lo por ellos narrados son por estudio y transcripciones de documentos generados por otros actores.